Durante a juventude, por sua boníssima índole e inteligência, seu senhor, Carpóforo, que também havia sido escravo, confiou-lhe uma boa soma em dinheiro para que negociasse. Mas, reconhecido como um ex-escravo num mercado cheio de velhacos, foi descaradamente enganado e acabou ficando sem nenhum centavo, pois não conseguia receber o que havia contratado em mercadoria como garantia nem reaver o dinheiro. Temendo ser severamente punido, resolveu fugir.
Uma vez capturado, porém, conseguiu explicar-se perante seu dono, que era cristão e mais uma vez lhe concedeu liberdade, sob condição de recuperar o dinheiro perdido. Mas nosso Santo não demorou a ser preso: por brigar com judeus na sinagoga de Roma, tentando reaver empréstimos, quando eles o denunciaram como cristão a Fusciano, prefeito romano.
Deportado como escravo para Sardenha entre 186 e 189, em companhia de muitos cristãos cheios de fé e esperança, aí fervorosa e definitivamente abraçou o Catolicismo. Entre 190 e 192, junto a outros cristãos, recebeu indulto por intercessão de Jacinto, que era autoridade em Roma, tornou-se um liberto imperial (ex-escravo) e foi morar em Anzio, comuna ao sul de Roma, povoada quase exclusivamente por cristãos, onde abriu um banco, ofício muito pulverizado à época. Acabou falindo por uma grande crise inflacionária, mas sobremaneira alargou sua formação cristã e foi ordenado diácono.
De tão notória santificação que se deu por sua profunda conversão, Zeferino, ao tornar-se Papa, convidou-o para trabalhar consigo: fê-lo responsável pelas catacumbas da Via Apia, que hoje levam o nome de Catacumbas de São Calisto. Nelas renomados Santos foram sepultados, como Santa Cecília, Papa São Damásio I, o próprio Santo Hipólito, que lhe faria intransigentes críticas, além de muitos dos Primeiros Santos Mártires de Roma. Aí também está a recém-descoberta Cripta dos Papas, e junto a ela, no Cubículo de Santo Eusébio, está o histórico epitáfio da tumba do Papa São Marcelino, de pontificado ainda no século III, no qual temos um dos mais antigos registros do uso da palavra 'Papa'.
Àqueles anos, fim do século II, as catacumbas, pelas dimensões que já haviam alcançado, eram o grande segredo dos cristãos, dada a perseguição que sofriam. Lá eles celebravam a Santa Missa e sepultavam os corpos dos fiéis, pois muitos ainda acreditavam que eles seriam necessários no Dia da Ressurreição da Carne. São Calisto, porém, zelava pelas catacumbas com a clara intenção de preservar as relíquias de Santos e mártires para a veneração na posteridade.
Com a morte de Zeferino, e como entre os cristãos já eram evidentes sua devoção e santidade, São Calisto foi unanimemente aclamado Papa, pelo clero e pelo povo. E por um forte motivo: tinha sido o melhor aluno de Santo Irineu, padre, teólogo e escritor de grande importância para a Igreja Católica Apostólica Romana, que com maestria rebatia as heresias da época e foi a última testemunha viva da canonização dos quatro Evangelhos.
Ora, no Evangelho Segundo São Lucas, Jesus mesmo havia determinado aos Apóstolos: "Se teu irmão pecar, repreende-o. Se se arrepender, perdoa-lhe. Se sete vezes no dia pecar contra ti, e sete vezes no dia vier procurar-te, dizendo: 'Estou arrependido', perdoar-lhe-ás." Lc 17,3-4
Nosso Papa também permitiu o Sacramento do Matrimônio entre nobres e cidadãos romanos com pessoas de classes baixas ou escravos, além de escravos com escravos, quando todas essa uniões eram proibidas ou não reconhecidas, como no caso entre escravos, pelo Direito Romano. Gerava, assim, a diferença entre a Lei Eclesiástica e a Lei do Casamento Civil, o Ius Civile, que mais tarde seria revogado.
Enfim, semelhantemente condenou e combateu duas outras heresias: o monarquianismo, fosse modalista, fosse dinâmico, também chamados de modalismo e adocionismo, e o sabelianismo, na pessoa do próprio Sabélio.
A grande consideração, e até veneração, que o imperador Alexandre Severo lhe tinha, chegando a ordenar a construção de um templo ao 'Deus dos cristãos', provocou uma rebelião popular dos pagãos no ano de 222. Valendo-se da ausência do imperador em Roma, ao ser acusado de cristão, o que era patente por seu comportamento, São Calisto, então aos 62 ou 67 anos de idade, em meio às turbas recusou-se a renegar sua fé em Cristo, e por isso foi mantido em cárcere privado sem alimentação e sem água, diariamente espancado com varas e enfim atirado da janela da casa onde estava preso com uma pedra amarrada ao pescoço. Como ainda estava vivo, foi jogado num poço para morrer afogado.
Viveu como escravo, foi libertado para servir a Deus sob violenta perseguição à Santa Igreja Católica, e passou seus últimos instantes num 'calabouço'. Um memorável mártir. Foi o primeiro papa registrado no Depositio Martyrum, um cronógrafo, ou seja, calendário ilustrado, do ano de 354. É o Padroeiro dos trabalhadores de cemitério.
Sobre o poço de seu martírio foi erguido uma capela, ao lado da atual Igreja de São Calisto, cujo primeira edificação foi construída por ele mesmo.
Ela fica nas proximidades da Igreja de Santa Maria, também construída por nosso Santo, em Trastevere, sua região de nascimento em Roma, sob cujo altar principal seus restos mortais foram depositados, séculos após terem sido sepultados no Capelódio, nas catacumbas da Via Aurélia.